長期保管の際、上部にはほこりがかぶります

いやもうタイトルのとおりです。

CDを紙で完全に包み込むタイプではないので、開放部である上部は紙によって守られません。
そのため、棚に縦置きしたまま長期保管をすると、上部からほこりが溜まってCDに付着する可能性があります。
この問題の回避例を以下に挙げておきます。

利用者サイドの取れる回避方法

OPP袋に収納する、箱に収納するなど、各自工夫して利用して保管してください。

制作サイドの取れる回避方法

絵の面の角度を変えて、CDを入れる辺が横に来るようにするというのはいかがでしょうか。
ただしこの場合は横へCDが飛び出る可能性があり、携行には不向きです。
落下を防ぐには別途OPPなど使うといいと思います。

わたしは「CDを入れる辺は上に来るのがいいと」思ったのでそのようにデータ作製しましたが、
辺を横にしたい場合は各自でデータを調整してください。